以北京為例，其設(shè)計的水資源聯(lián)合調(diào)度原則是優(yōu)先使用調(diào)水,，適當(dāng)補充當(dāng)?shù)氐乇硭?，控制開采地下水。但從供水成本分析,，用戶希望的用水優(yōu)先順序與水資源調(diào)度原則恰恰相反，如果沒有政府的大力支持,，南水將很難進入當(dāng)?shù)厮袌?，也就無法把地下水和生態(tài)水資源置換出來。

　　2014年5月1日,，北京開始實施居民新水價,。居民水價每噸由4元漲到5元，并按用水量實行階梯水價,。非居民用水統(tǒng)一調(diào)整到8.15元,，分兩步實施。自5月1日起,，水價調(diào)整為7.15元,，自明年1月1日起，調(diào)整為8.15元,。特殊行業(yè)用水價格大幅度提高,，每立方米達160元。

　　調(diào)價之后,，北京最新的水資源費為1.57元/立方米,。而根據(jù)多年前《南水北調(diào)中線一期工程項目可行性研究總報告》測算的北京段口門水價，則在2.023元－2.324元/立方米,。

　　對于自來水廠來說,，按照現(xiàn)行的會計準則，愿意接收調(diào)水工程水源的前提條件是口門水價不高于當(dāng)?shù)厮Y源費,，否則會直接影響水廠供水利潤,。目前的差額，顯然不利于提高自來水廠的積極性,。

　　面對這種情況,，山東等地有相關(guān)官員建議，因南水北調(diào)作為國家戰(zhàn)略性及公益性工程,，所以基本水價應(yīng)由中央,、省、地方共同承擔(dān),，終端用戶只承擔(dān)計量水價的費用,。此外,，在調(diào)水緩沖期內(nèi)，應(yīng)實行水價優(yōu)惠措施,。

　　黃河則認為,，南水北調(diào)的調(diào)水成本遠高于受水區(qū)開發(fā)當(dāng)?shù)厮Y源的成本，如果水資源費在水價中比重太低,，甚至只體現(xiàn)工程價,，講究“實惠”的使用者，勢必繼續(xù)掠奪式開發(fā)當(dāng)?shù)厮?，而不用北調(diào)的江水,。

　　就可能出現(xiàn)的水價倒掛，《條例》提出了兩條原則性解決方案：首先,，深化南水北調(diào)受水區(qū)水價改革,，調(diào)整水價。按照水價構(gòu)成理論全面征收水資源費,、供水工程成本,、環(huán)境成本。運用價格這個經(jīng)濟杠桿,，把水價提高到或超過外調(diào)水的水平,。

　　其次，推行區(qū)域綜合水價,。將成本較高的外調(diào)水納入統(tǒng)一核算，按照一種合理的水價標(biāo)準,，實行全市自來水的同價和各自來水用戶取用各種水源的同質(zhì)同價,，可以相對降低最終水價的成本。