1926年1月,，程潛所部被改編為國民革命軍第六軍,，程潛任軍長,。新組建的第六軍統(tǒng)一編為第十七、十八,、十九三個師，以及兩個炮兵營,，共產(chǎn)黨人林伯渠擔任了第六軍的黨代表兼政治部主任,，部隊中團以下軍官的共產(chǎn)黨員比例占1/3,。

北伐開始后,，程潛的第六軍作為預(yù)備隊隨主攻部隊行動。戰(zhàn)場重心移至江西后,，程潛率第六軍由湖北攻入江西,，最終攻克南昌城，但被孫傳芳反攻,，第六軍損失過半,。經(jīng)重組后再戰(zhàn)，1927年1月23日,，第六軍第十九師自中華門率先沖入南京城,。

3月下旬，為不使蔣介石在南京另建中心的陰謀得逞,，武漢國民政府命令二,、六兩軍控制南京，并責(zé)成程潛如遇違抗即可將蔣逮捕,。但程潛“主張商謀妥協(xié)”,，并拉林伯渠回武漢“勸合”。

這時的第六軍第十七師師長楊杰已被蔣介石收買,，十八師早已脫離第六軍建制,。4月28日，蔣介石解除十九師的武裝,，派楊杰擔任第六軍軍長,。程潛聞訊后潛回南京，打算將第十九師調(diào)往武漢,，以失敗告終,。不久，程潛受武漢國民政府之命重建第六軍,，仍任軍長職,，在擊退夏斗寅、楊森對武漢的進攻中發(fā)揮了很大作用,。蔣介石得知后,，把他的第六軍改為第十八軍。

“七一五”政變后，程潛率部討伐蔣介石,。寧漢合流后,，程潛又與南京政府桂系聯(lián)合，派人回收已經(jīng)改編為第十八軍的老六軍部眾,。10月15日,，南京政府命程潛率第六軍，會同李宗仁,、朱培德討伐唐生智,，奪取了湖北、湖南地盤,。此后,，程潛成為兩湖政務(wù)委員會主席兼湖南省主席，因討唐前李宗仁與程潛有約在先,，不得不與程潛分享湖南大權(quán),，但湖南正好處在從武漢到桂系后方廣西的必經(jīng)之路上，讓李宗仁感到如芒刺在背,。

蔣介石于1928年2月完成了對黨,、政、軍大權(quán)的重新控制,，程潛卻予以反對,。蔣便將第四集團軍總司令、武漢政治分會主席職位交給桂系李宗仁,。在程潛看來這兩個職位本應(yīng)屬于自己,，程、桂矛盾趨于激化,。5月21日,，李宗仁突然軟禁了程潛。5月23日,，蔣介石免除程潛本兼各職,。程潛下臺后，第六軍被迫由湖南開往江西途中,，一部由周希武,、張其雄率領(lǐng)投奔何鍵，另一部在江西被繳械,，該軍番號撤銷,，殘部一個營突圍到福建，也被收編,。至此,，程潛艱辛組建的新六軍被蔣介石所消滅。